var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono elemento 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono elemento 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono elemento 1"));
var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono elemento 2"));
quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;
Não pois você já definiu a variável
quantidadeCarbono2
na linha 2. Na terceira linha você esta somente atualizando o valor da variável.
Usa-sa var somente na definição, quando você for mudar o valor não precisa.
vlw mauricio! o/