Usei a ideia de um contador, mas não sei se foi a melhor solução.
var troca = 1;
function trocaBandeira(evento) {
if (troca % 2 == 0) {
desenhaBandeiraBrasil();
} else {
desenhaBandeiraAlemanha();
}
troca++;
}
setInterval(trocaBandeira, 3000);
