Olá Gabriel,
Está retornando sempre o valor do peso porque você está transformando o valor da altura em inteiro ao chamar a função parseInt para a altura do usuário ( var alturaUsuario = parseInt(prompt("Digite sua altura: ")); ). E ao chamar a função parseInt para uma altura, por exemplo 1.70, o valor retornado será 1. Logo peso / (1*1) = peso
Troque a função parseInt na linha de atribuição de valor à variável alturaUsuario por parseFloat.
Obs*: Quando for informar a altura utilize ponto (.) e não virgula (,)
Com a alteração seu código ficará da seguinte forma:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function mostra(frase){
document.write(frase + "<br>")
}
function calculaImc(peso, altura){
return peso / (altura * altura)
}
var pesoUsuario = parseInt(prompt("Digite seu peso: "));
var alturaUsuario = parseFloat(prompt("Digite sua altura: "));
var imcCalculado = calculaImc(pesoUsuario, alturaUsuario);
alert("Seu IMC é: " + imcCalculado);
</script>