Não popa o alert

Boa noite Renato,

Que exercício difícil de testar xD. No console podemos ver que a variável y não foi definida. Logo só temos que corrigir isso dentro da função dispara:

function dispara(evento) {

        var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
        var y = evento.pageY - tela.offsetTop; //Aqui

        if((x > xAleatorio - raio)
            && (x < xAleatorio + raio)
            && (y > yAleatorio - raio)
            && (y < yAleatorio + raio)) {

            alert("Acertou");
        }
    }

Abraços

Cara que estranho, colei o seu código no meu editor e não está funcionando =/

Tenta assim:

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    var tela = document.querySelector('canvas');
    var pincel = tela.getContext('2d');

    pincel.fillStyle = 'lightgray';
    pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);

    var raio = 10;
    var xAleatorio; 
    var yAleatorio;

    function desenhaCirculo(x, y, raio, cor) {

        pincel.fillStyle = cor;
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * Math.PI);
        pincel.fill();

   }

    function limpaTela() {
    pincel.clearRect(0, 0, 600, 400);

    }

    function desenhaAlvo(x, y) {

    desenhaCirculo(x, y, raio+20, 'red');
    desenhaCirculo(x, y, raio+10, 'white');
    desenhaCirculo(x, y, raio, 'red');

    }

    function sorteiaPosicao(maximo) {

        return Math.floor(Math.random() * maximo);

    }

    function atualizaTela() {
    limpaTela();
    xAleatorio = sorteiaPosicao(600);
    yAleatorio = sorteiaPosicao(400);
    desenhaAlvo(xAleatorio, yAleatorio);
    }

    setInterval(atualizaTela, 1000);

    function dispara(evento) {

        var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
        var y = evento.pageY - tela.offsetTop;

        if((x > xAleatorio - raio)
            && (x < xAleatorio + raio)
            && (y > yAleatorio - raio)
            && (y < yAleatorio + raio)) {

            alert("Acertou");
        }
    }

    tela.onclick = dispara;

</script>