Nao existe resposta compatível.

Olá, Fernando.

Realmente, o Eclipse não mostras os .class.

Se você abrir a view Navigator, você verá que o Eclipse coloca os .class na pasta build/classes.

Porém, a pergunta trata da especificação de Servlet, que define que os.class ficam na WEB-INF\classes.

Se você reparar lá no Tomcat, vai encontrar WEB-INF\classesessa pasta lá no seu projeto.

No meu Tomcat está assim:

apache-tomcat-7.0.50
└── wtpwebapps
    └── gerenciador
        ├── index.html
        ├── META-INF
        │   └── MANIFEST.MF
        └── WEB-INF
            ├── classes
            │   └── br
            │       └── com
            │           └── alura
            │               └── gerenciador
            │                   ├── dao
            │                   │   ├── EmpresaDAO.class
            │                   │   └── UsuarioDAO.class
            │                   ├── Empresa.class
            │                   ├── Usuario.class
            │                   └── web
            │                       └── BuscaEmpresa.class
            ├── lib
            │   ├── jstl-1.2.jar
            │   └── xstream-1.4.3.jar
            └── web.xml