O porblema foi resolvido desta maneira!
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<h1>Receitas do Yan</h1>
<script>
    var ingredientes = [];
    var quantidade = parseInt(prompt("Quantos ingredientes você vai adicionar?"));
    var contador = 1;
    while( contador <= quantidade) {
        var ingrediente = prompt("Informe o ingrediente " + contador);
        var achou = false
        for (var posicao = 0; posicao < ingredientes.length; posicao++) {
            if ( ingredientes[posicao] == ingrediente ){
            achou = true
            alert("Você já adicionou este ingrediente!")
            break
            }
        }
        if(achou == false){
          ingredientes.push(ingrediente)
         contador++;
         }     
    }
    console.log(ingredientes);
</script>