Olá Hugo, tudo certo?
O que está acontecendo é que quando você aperta ALT, o círculo rosa é desenhado e logo em seguida é desenhado um outro círculo azul em cima dele. Fiz algumas mudanças no código para resolver esse problema:
<canvas width="900" height="600"></canvas>
<script>
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'gray';
pincel.fillRect(0, 0, 900, 600);
var raio = 10;
function desenhaCirculo(evento) {
var x = evento.pageX - tela.offsetLeft;
var y = evento.pageY - tela.offsetTop;
console.log(x + ',' + y);
pincel.fillStyle = 'blue';
if (evento.shiftKey && evento.altKey) {
alert("Só aperte uma tecla por vez.")
} else if (evento.shiftKey && raio + 10 <= 40) {
raio = raio + 10;
} else if (evento.altKey && raio - 5 >= 10) {
raio = raio - 5;
pincel.fillStyle = 'pink';
}
pincel.beginPath();
pincel.arc(x, y, raio, 0, 2 * 3.14);
pincel.fill();
}
tela.onclick = desenhaCirculo;
</script>
Desse modo, a cor azul do pincel é definida antes e caso você aperte ALT será mudada para rosa, caso contrário o circulo será azul.
Espero ter ajudado, abraço!