Você declarou duas vezes a mesma variável. Tenta assim:
<meta charset="UTF-8">
<script type="text/javascript">
var pulaLinha = function(){
documento.write("<br>");
}
var mostra = function(frase){
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var vitorias = parseInt(prompt("Quantos jogos o CDC Futebol Clube venceu?"));
var empates = parseInt(prompt("Quantos jogos o CDC Futebol Clube empatou?"));
var pontos = (vitorias * 3) + empates;
mostra("Nosso time tem " + pontos + " pontos!");
</script>
Exatamente o que o Marcos falou, parte do código estava repetido.