Não estou conseguindo atualizar os níveis de dificuldade do jogo

No seu código você está apenas chamando a conversão de nível para inteiro, você deve reatribuir o valor da variável. Está assim:

int(nivel) 

Deveria estar assim:

nivel = int(nivel) 

Boa tarde Phelippe, você deve fazer a atribuição do valor do nível para inteiro, desta forma:

nivel=int(input("Defina o nível:"))

repare como ficou no seu código:

import random

print("Bem-vindo ao jogo de adivinhação!!!",end="\n")

numero_secreto=random.randrange(1,101)
total_tentativas=0
pontos=1000

print("Qual nível de dificuldade você quer?", end="\n")
print("(1) Fácil,(2) Médio e (3) Difícil")

nivel=int(input("Defina o nível:"))

if (nivel == 1):
    total_tentativas = 20
elif(nivel == 2):
    total_tentativas = 18
else:
    total_tentativas = 5

for cont in range (1,total_tentativas+1):
    print("Tentativa {} de {}".format(cont,total_tentativas),end="\n")
    chute=input("Digite um número entre 1 e 100:")
    print("Você digitou", chute)

numero=int(chute)

if (numero<0 or numero>100):
    print("Você deve digitar um número entre 1 e 100!!!")

if (numero_secreto==numero):
    print("Você acertou!!! E fez {}".format(pontos))

else:
    if(maior):
        print("Seu palpite é maior do que o número secreto!")
    elif(menor):
        print("Seu palpite é menor do que o número secreto!")
        pontos_perdidos=abs(numero_secreto-numero)
        pontos=pontos-pontos_perdidos

print("Número secreto é: ",numero_secreto)
print("Fim do jogo")