Conforme exemplo abaixo, não está removendo um dos alunos:
> db.Alunos.find()
{ "_id" : ObjectId("5ddba1723f71f527ff321151"), "nome" : "Felipe", "data_nascimento" : ISODate("1994-03-26T03:00:00Z") }
{ "_id" : ObjectId("5ddba38c3f71f527ff321152"), "nome" : "Felipe", "data_nascimento" : ISODate("1994-03-26T03:00:00Z"), "curso" : { "nome" : "Sistemas de informação" }, "notas" : [ 10, 9, 4.5 ], "habilidades" : [ { "nome" : "inglês", "nivel" : "avançado" }, { "nome" : "taekondow", "nível" : "básico" } ] }
> db.Alunos.remove({
... "id" : ObjectId("5ddba1723f71f527ff321151")
... })
WriteResult({ "nRemoved" : 0 })
Sabe dizer o que houve?