Eu não entendi o motivo de colocar o índice na penúltima linha. Entendo que até essa linha, o programa está lindo "i = 0", mas não entendi a relação disso com o preenchimento que acontece na lista.
i = 0
for letra in palavra_secreta:
if(chute.upper() == letra.upper()):
letras_acertadas[i] = letra
i = i + 1
O laço for vai percorrer cada letra da palavra secreta, o valor do i é alterado ao fim de cada iteração para marca a posição da letra, no if testo se o chute bate com a letra, se bater eu coloco a letra na posição i na lista de letras acertadas. Por exemplo digamos que a palavra secreta é bola, meu chute é a letra l, o que vai acontecer é que vou entrar no laço for e na primeira iteração o valor de letra vai ser b, o meu if não vai bater e o i vai passar a valer 1, na segunda iteração a letra vai ser o, novamente o if não vai bater e o i vai receber o valor 2, na terceira iteração a letra vai ser l e o meu if vai bater, então a lista letras_acertadas na posição i ou seja 2 vai receber a letra l.