Oi Leandro tudo bem?
Você tinha colocado o if do existe==false dentro do loop for, tinha que ter posto ele fora. Segue código:
<meta charset="UTF-8">
<h1>Receitas do Yan</h1>
<script>
var ingredientes = [];
var quantidade = parseInt(prompt("Quantos ingredientes você vai adicionar?"));
var contador = 1;
while (contador <= quantidade) {
var ingrediente = prompt("Informe o ingrediente " + contador);
var existe = false;
for (var posicao = 0; posicao < ingredientes.length; posicao++) {
if (ingredientes[posicao] == ingrediente) {
alert("Ingrediente repetido! Tente outro.");
existe = true;
break;
}
//contador++;
}
if (existe == false) {
ingredientes.push(ingrediente);
contador++;
}
//contador++;
}
console.log(ingredientes);
</script>
Espero ter ajudado!!!