Não entendi bem como faria uma liberação apenas de porta especifia

Olá Carlos, tudo bem? Na verdade depende, você tem algumas alternativas. Primeiro se ambas as máquinas já estiverem no mesmo Security Group, então você deve apenas criar uma nova regra nesse Security Group já existente para liberar a porta 3306 para as outras instâncias Security Group. Porém se não tiverem no mesmo Security Group você deve criar um novo (já com a regra para liberar a porta 3306) e incluir ambas as instâncias.

E sim, temos que criar uma regra Inbound, que é no caso de entrada, ou seja, as regras de acesso de fora para dentro da instância. E para criar a regra você precisa ir na opção Edit inbound rules, na nova tela que abrir, você deve clicar no botão Add rule, e então colocar as configurações. Nesse seu caso o Type será MYSQL/Aurora (coloquei esse Type, porque 3306 é a porta padrão MySQL), o Protocol será TCP, e a Port Range será também 3306, e o Source é 0.0.0.0/0, por fim você devem clicar no botão Save Rules e pronto.

Espero ter ajudado!