Não entendi qual a necessidade destas variáveis no código, não estou conseguindo entender.
var somaAltura = 0;
for(var posicao = 0; posicao < serie.length; posicao++){
var altura = serie[posicao];
desenhaRetangulo(x, y + somaAltura, 50, altura, cores[posicao]);
somaAltura = somaAltura + altura;
}
