Boa tarde Pedro.
Cara eu fiz alguns testes aqui e bugou minha cabeça xD.
Primeira coisa, o formato de cor CMYK esta gerando este problema, no momento em que você trabalha com os modos de mesclagem eu acho que o processamento de cor do efeito não consegue identificar o preto puro e causa este problema.
Você pode ir no menu IMAGE>MODE>RGB e clica na opção dont flatten, para nao mesclar as camadas.
Mesmo assim vai ainda parecer um pouco saturado, você pode apagar a camada preta, e criar novamente para inserir o modeo de mesclagem.
Eu não posso te afirmar 100% o que seja isso, mas acredito que seja o que comentei, o processo de cor do software com CMYK e RGB são diferentes, e o modo de mesclagem é um efeito feito para se trabalhar com o formato RGB baseado na escala de cinza deste padrão de cor.
No momento em que você usa esse processo com o modo CMYK ele não consegue entedender as mesmas tonalidades de cinza, preto e branco e por isso o resultado fica diferente um do outro por conseguencia menos saturado.
Tente fazer isso que eu falei e veja se funciona. Um abraço.