Boa tarde Roger,
Realmente não sei o que pode estar acontecendo com o seu git. Tente adicionar cada arquivo manualmente:
git add server.js
git add routes/nota.js
Depois rode o comando git status
pra verificar se eles estão sendo trackeados.
Faça o commit git commit -m "teste"
e o push git push origin master
Além disso parece que voce não tem um arquivo .gitignore
no seu projeto, a pasta node_modules não precisa ser trackeada no projeto e você não precisa fazer push desses pacotes no seu projeto. Pra evitar isso no seu editor crie um arquivo chamado .gitignore
na raíz do projeto e adicione essa linha nesse arquivo:
node_modules/
Desse jeito o git vai ignorar a pasta node_modules e esses arquivos não vão mais ser commitados.
Abraços