Solucionado (ver solução)
Solucionado
(ver solução)
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Não consigo editar os alunos, em vez de editar ele cria um novo

O aluno não é atualizado, ele cria um outro aluno, segue o codigo do AlunoDAO e do FormularioActivity:

AlunoDAO

package com.example.pato.agenda.dao;

import android.content.ContentValues;
import android.content.Context;
import android.database.Cursor;
import android.database.sqlite.SQLiteDatabase;
import android.database.sqlite.SQLiteOpenHelper;
import android.support.annotation.NonNull;

import com.example.pato.agenda.modelo.Aluno;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

/**
 * Created by pato on 18/02/17.
 */

public class AlunoDAO extends SQLiteOpenHelper {

    public AlunoDAO(Context context) {
        super(context, "Agenda", null, 1);
    }

    @Override
    public void onCreate(SQLiteDatabase db) {
        String sql = "CREATE TABLE Alunos (id INTEGER PRIMARY KEY, nome TEXT, endereco TEXT, telefone TEXT, site TEXT, nota REAL);";
        db.execSQL(sql);
    }

    @Override
    public void onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion) {
        String sql = "DROP TABLE IF EXIST";
        db.execSQL(sql);
        onCreate(db);
    }

    public void insere(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        db.insert("Alunos", null, dados);
    }

    @NonNull
    private ContentValues pegaDadosDoAluno(Aluno aluno) {
        ContentValues dados = new ContentValues();
        dados.put("nome", aluno.getNome());
        dados.put("endereco", aluno.getEndereco());
        dados.put("telefone", aluno.getTelefone());
        dados.put("site", aluno.getSite());
        dados.put("nota", aluno.getNota());
        return dados;
    }

    public List<Aluno> buscaAlunos() {
        String sql = "SELECT * FROM Alunos;";
        SQLiteDatabase db = getReadableDatabase();
        Cursor c = db.rawQuery(sql, null);

        List<Aluno> alunos = new ArrayList<Aluno>();
        while (c.moveToNext()) {

            Aluno aluno = new Aluno();

            aluno.setId(c.getLong(c.getColumnIndex("id")));
            aluno.setNome(c.getString(c.getColumnIndex("nome")));
            aluno.setEndereco(c.getString(c.getColumnIndex("endereco")));
            aluno.setTelefone(c.getString(c.getColumnIndex("telefone")));
            aluno.setSite(c.getString(c.getColumnIndex("site")));
            aluno.setNota(c.getDouble(c.getColumnIndex("nota")));

            alunos.add(aluno);
        }
        c.close();

        return alunos;
    }

    public void deleta(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        String[] params = {aluno.getId().toString()};

        db.delete("Alunos", "id = ?", params);
    }

    public void altera(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        String[] params = {aluno.getId().toString()};

        db.update("Aluno", dados, "id = ?", params);
    }
}

FormularioActivity

package com.example.pato.agenda;

import android.content.Intent;
import android.support.v7.app.AppCompatActivity;
import android.os.Bundle;
import android.view.Menu;
import android.view.MenuInflater;
import android.view.MenuItem;
import android.view.View;
import android.widget.Button;
import android.widget.Toast;

import com.example.pato.agenda.dao.AlunoDAO;
import com.example.pato.agenda.modelo.Aluno;

import java.text.Normalizer;

public class FormularioActivity extends AppCompatActivity {

    private FormularioHelper helper;

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_formulario);

        helper = new FormularioHelper(this);

        Intent intent = getIntent();
        Aluno aluno = (Aluno) intent.getSerializableExtra("aluno");

        if(aluno != null){
            helper.preencheFormulario(aluno);
        }
    }

    @Override
    public boolean onCreateOptionsMenu(Menu menu) {

        MenuInflater inflater = getMenuInflater();
        inflater.inflate(R.menu.menu_formulario, menu);
        return super.onCreateOptionsMenu(menu);


    }

    @Override
    public boolean onOptionsItemSelected(MenuItem item) {
        switch (item.getItemId()){
            case R.id.menuFormularioOk:
                Aluno aluno = helper.pegaAluno();

                AlunoDAO dao = new AlunoDAO(this);

                if(aluno.getId() != null){
                    dao.altera(aluno);
                }
                else{
                    dao.insere(aluno);
                }
                dao.close();

                Toast.makeText(FormularioActivity.this, "Aluno " + aluno.getNome() + " salvo!", Toast.LENGTH_SHORT).show();

                finish();
                break;
        }
        return super.onOptionsItemSelected(item);
    }
}
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Henrique, o teu método altera do dao o nome da tabela ta errado, ta Aluno

db.update("Alunos", dados, "id = ?", params);

Vânia eu alterei mais mesmo assim não esta alterando. Ainda continua crinado um novo Aluno

AlunoDAO

package com.example.pato.agenda.dao;

import android.content.ContentValues;
import android.content.Context;
import android.database.Cursor;
import android.database.sqlite.SQLiteDatabase;
import android.database.sqlite.SQLiteOpenHelper;
import android.support.annotation.NonNull;

import com.example.pato.agenda.modelo.Aluno;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;

/**
 * Created by pato on 18/02/17.
 */

public class AlunoDAO extends SQLiteOpenHelper {

    public AlunoDAO(Context context) {
        super(context, "Agenda", null, 1);
    }

    @Override
    public void onCreate(SQLiteDatabase db) {
        String sql = "CREATE TABLE Alunos (id INTEGER PRIMARY KEY, nome TEXT, endereco TEXT, telefone TEXT, site TEXT, nota REAL);";
        db.execSQL(sql);
    }

    @Override
    public void onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion) {
        String sql = "DROP TABLE IF EXIST";
        db.execSQL(sql);
        onCreate(db);
    }

    public void insere(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        db.insert("Alunos", null, dados);
    }

    @NonNull
    private ContentValues pegaDadosDoAluno(Aluno aluno) {
        ContentValues dados = new ContentValues();
        dados.put("nome", aluno.getNome());
        dados.put("endereco", aluno.getEndereco());
        dados.put("telefone", aluno.getTelefone());
        dados.put("site", aluno.getSite());
        dados.put("nota", aluno.getNota());
        return dados;
    }

    public List<Aluno> buscaAlunos() {
        String sql = "SELECT * FROM Alunos;";
        SQLiteDatabase db = getReadableDatabase();
        Cursor c = db.rawQuery(sql, null);

        List<Aluno> alunos = new ArrayList<Aluno>();
        while (c.moveToNext()) {

            Aluno aluno = new Aluno();

            aluno.setId(c.getLong(c.getColumnIndex("id")));
            aluno.setNome(c.getString(c.getColumnIndex("nome")));
            aluno.setEndereco(c.getString(c.getColumnIndex("endereco")));
            aluno.setTelefone(c.getString(c.getColumnIndex("telefone")));
            aluno.setSite(c.getString(c.getColumnIndex("site")));
            aluno.setNota(c.getDouble(c.getColumnIndex("nota")));

            alunos.add(aluno);
        }
        c.close();

        return alunos;
    }

    public void deleta(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        String[] params = {aluno.getId().toString()};

        db.delete("Alunos", "id = ?", params);
    }

    public void altera(Aluno aluno) {
        SQLiteDatabase db = getWritableDatabase();

        ContentValues dados = pegaDadosDoAluno(aluno);

        String[] params = {aluno.getId().toString()};

        db.update("Alunos", dados, "id = ?", params);
    }
}

Henrique, essas duas classes estão certas. Coloca a FormularioHelper.

Vania aqui esta:

FormularioHelper:

package com.example.pato.agenda;

import android.widget.EditText;
import android.widget.RatingBar;

import com.example.pato.agenda.modelo.Aluno;

/**
 * Created by pato on 18/02/17.
 */

public class FormularioHelper {

    private final EditText campoNome;
    private final EditText campoEndereco;
    private final EditText campoTelefone;
    private final EditText campoSite;
    private final RatingBar campoNota;
    private Aluno aluno;

    public FormularioHelper(FormularioActivity activity){
        campoNome = (EditText) activity.findViewById(R.id.formularioNome);
        campoEndereco = (EditText) activity.findViewById(R.id.formularioEndereco);
        campoTelefone = (EditText) activity.findViewById(R.id.formularioTelefone);
        campoSite = (EditText) activity.findViewById(R.id.formularioSite);
        campoNota = (RatingBar) activity.findViewById(R.id.formularioNota);
        aluno = new Aluno();
    }

    public Aluno pegaAluno() {
        aluno = new Aluno();

        aluno.setNome(campoNome.getText().toString());
        aluno.setEndereco(campoEndereco.getText().toString());
        aluno.setTelefone(campoTelefone.getText().toString());
        aluno.setSite(campoSite.getText().toString());
        aluno.setNota(Double.valueOf(campoNota.getProgress()));

        return aluno;
    }

    public void preencheFormulario(Aluno aluno) {

        campoNome.setText(aluno.getNome());
        campoEndereco.setText(aluno.getEndereco());
        campoTelefone.setText(aluno.getTelefone());
        campoSite.setText(aluno.getSite());
        campoNota.setProgress(aluno.getNota().intValue());
        this.aluno = aluno;
    }
}
solução!

Oi Henrique, o problema é que u ta instanciando aluno novamente quando vai pegar os dados

    public Aluno pegaAluno() {
    aluno = new Aluno(); //erro aqui!
        aluno.setNome(campoNome.getText().toString());
        aluno.setEndereco(campoEndereco.getText().toString());
        aluno.setTelefone(campoTelefone.getText().toString());
        aluno.setSite(campoSite.getText().toString());
        aluno.setNota(Double.valueOf(campoNota.getProgress()));

        return aluno;
    }

remove o aluno = new Aluno(); aí do pegaAluno que da certo.

Vania muito obrigado, deu certo.