Oi Ivo, como você está amigo, tudo bem?
Seguinte, depois de baixar o projeto (https://s3.amazonaws.com/caelum-online-public/jpa-avancado/stages/projeto-jpa2-import.zip) e descompacta-lo em alguma pasta de sua preferência, abra um prompt de comandos e execute o comando abaixo dentro do diretório onde você extraiu seu projeto:
mvn clean install eclipse:clean eclipse:eclipse
Depois que terminar de rodar o comando acima, volte para o eclipse e importe o projeto: File > Import > Existing Projects into Workspace > Browse... > Selecione o seu projeto > Finish.
O mais importante agora:
Botão direito no projeto importado no eclipse -> Properties -> Project Facets > Clique no link > Selecione Dynamic Web Module > Apply and Close
https://i.stack.imgur.com/drpwO.png
Tente arrastar seu projeto novamente para o Tomcat.
Espero ter ajudado,
Abraço!