nomes= ['fabio','kelly','felipe','pedro']
print('digite o nome que deseja alterar')
nome=input()
if nome in nomes:
nomes.remove ( nome )
print ('qual o novo nome?')
novo_nome=input()
print ( 'digite a nova posição do nome:' )
posicao = int(input())
nomes[posicao]=novo_nome
print (nomes)
Olá Marcio. Bem supostamente os número não deveriam se reorganizar. Ele vai substituir o que está na posição solicitada. Ou seja ele vai apagar o Nome escolhido e inserir o que você quer na posição que foi informada.
Poderia descrever um pouco melhor o que está tentando fazer?