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Não consegui editar diretamente a consulta:

Não consegui editar diretamente a consulta: SELECT count("request") FROM "apache_access_log" WHERE ("host" =~ /^$server$/) AND "resp_code" = '404' AND $timeFilter AND "agent" != 'Go-http-client/1.1' AND agent != 'worldping-api'

Depois que clico em edita e coloco ela aparentemente ela não é aplicada.

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Olá Vinicius, tudo bem? Realmente é bastante estranho isso, no caso quando você adicionar a query:

SELECT count("request") FROM "apache_access_log" WHERE ("host" =~ /^$server$/)  AND "resp_code" = '404'  AND $timeFilter AND "agent" != 'Go-http-client/1.1' AND agent != 'worldping-api'

E vai na opção Visualization e depois retorno para Query a consulta acima não está é isso? Poderia tirar alguns print e colocar no https://imgur.com/ e informar os links aqui pra gente acessar e verificar o problema.

Fico aguardando retorno!