Lucas analisando seu codigo eu encontrei o que pode ser o problema
dentro do seu while, vc usa uma variavel chamada "achei" pra icrementar o numero até sair do while, porem no seu if vc esta usando um nome diferente "achou" pra validar se achou ou não.
o correto seria:
while(numero <= quantidade){
var numAleatorio = sorteio();
var achei = false;
for (let posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++) {
if(segredos[posicao] == numAleatorio){
achei = true;
break;
}
}
if(achei == false){
segredos.push(numAleatorio)
numero++
}
}