Se voce ainda nao entrou no eclipse a primeira vez ele nao criou a pasta ainda. voce pode ir em file >> switch workspace, e verificar se ela ja existe la em algum outro caminho. Caso a pasta nao exista voce pode simplesmente ai nessa tela do ms-dos digitar: "md Workspace" que o diretorio sera criado e voce vai na opcao switch workspace do eclipse e seleciona a pasta
olha eu vi aqui que os arquivos tão no desktop tem problema eu deixar assim?
nao tem problema. é só o fato de organização mesmo. eu por exemplo crio uma pasta desenvolvimento e tudo relacionado fica la dentro.