Não abrem os pop up's e não encontrei o erro

Olá Eduardo, tudo bem?

O problema é que as variáveis nome, alturaInformada e pesoInformado foram declaradas dentro da função e devem ser declaradas depois da função, segue o código com correção.

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {

        document.write("<br>");
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {

        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function calculaImc(altura, peso) {

        return peso / (altura * altura);
    }

    var nome = prompt("Informe seu nome");
    var alturaInformada = prompt(nome + "informe sua altura");
    var pesoInformado = prompt(nome + "informe seu peso");

    var imc = calculaImc(alturaInformada, pesoInformado);

    document.write(nome + "o seu imc é " + imc);

</script>

Espero que tenha lhe ajudado :)