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Mysql retorna consulta errada

Pessoal estou com uma dúvida! utilizo o Mysql no terminal e no Workbench, estou com um arquivo que contém aproximadamente 2 mil linhas de código. O problema é que quando eu realizo uma pesquisa específica no terminal ele me retorna número X de linhas e quando é no Workbench ele me retorna Y linhas, alguém sabe me esclarecer o porque dele estar dando tal erro ? para piorar quando eu realizado a consulta do número de linhas no Python é retornado Z linhas que é o correto =/

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Boa tarde Eron!

Não tem como dizer onde está o erro com tão pouca informação.

Sugiro você fazer um dump da sua base de dados:

mysqldump -u root -p nome_do_seu_banco_de_dados > C:\Users\%username%\Desktop\nome_do_arquivo.sql

Depois postar aqui o sql do dump e o sql da query que você está executando.