Luiz, boa tarde!
Independente de serem juntos ou separados o conceito do CSS deve ser levado em consideração. Como é uma aplicação de estilos de forma procedural, sequencial, ou seja, de cima para baixo, você pode mudar uma cor no início de um arquivo CSS e no final dele mudá-la novamente. Não há problema algum nisso, porém o que sempre vai valer é a última mudança de cor do arquivo, a que estiver mais abaixo.
Isso é sempre um problema difícil de se identificar quando o CSS é muito complexo. O fato de ser grande ou serem muitos não é problema, pois hoje em dia no final das contas muitas ferramentas de mercado unem esses arquivos em um só para aumentar performance.
Caso você tenha mais de um arquivo CSS e a mesma mudança de estilo ambos, a que vai valer é a do arquivo que foi importado por último.
Se eu consegui te ajudar, marque a resposta como solucionada, por favor!
Abs.