Eu fiz um pouquinho diferente, fui armazenando os números que eram múltiplos de 3 e no final imprimi tudo de uma vez. Veja:
string multiploDe3 = "";
for (int i=1; i <= 100; i++)
{
if (i % 3 == 0)
{
multiploDe3 += i+",";
}
}
MessageBox.Show("os números múltiplos de 3 são: " + multiploDe3);