Oi Fernanda, tudo bom?

Pelo o que eu vi aqui, o Free PDF ou FPDF parte do principio da construção do PDF através de métodos. Isso significa que a implementação da estrutura visual não é muito aberta a alterações.

Normalmente, para construção de PDFs em PHP a gente não costuma encontrar muito conteúdo na internet. Mas, existem algumas ferramentas mais abrangentes.

Uma que eu gosto bastante, particularmente, é o Snappy feito a principio como uma dependência pro framework MVC Symfony. Mas, usando o autoloader do composer e seguindo as PSRs é possivel usar em qualquer projeto PHP.

O legal desse cara em específico é que ele converte HTML para PDF, então você pode estilizar do jeito que quiser! Criar suas tabelas, listas, qualquer coisa, com o posicionamento que você quiser e transformar em PDF depois.

No meu blog eu fiz um post de exemplo com Symfony de como transformar HTML em PDF com o Snappy, caso interesse.

Espero ter ajudado =)

Abraço

Criei uma função para contar o nro de linhas e determinar a altura da célula. Daí funcionou com o fpdf mesmo