Ah, e no config-server tive de criar um application.properties para colocar a propriedade "spring.profiles.active=native".
Quando coloquei a mesma no application.yml o intellij começou a reclamar que estava deprecated, e que deveria substituí-la pela "config.activate.on-profile" - só que essa última não funcionou - aparentemente o propósito dela não é setar o profile ativo, como a outra faz, mas apenas indicar para qual profile as propriedades estão definidas.
Inclusive é possível até definir propriedades para profiles diferentes dentro do mesmo application.yml, como se fossem subseções do arquivo, separando cada subseção com uma linha de comentário iniciando por "#---" (fonte: https://spring.io/blog/2020/08/14/config-file-processing-in-spring-boot-2-4).
Assim, o que acabou funcionando, e sem usar configurações deprecated, foi criar o application.properties com a propriedade "spring.profiles.active=native" e usar "config.activate.on-profile" no yml.