Solucionado
Olá Renan
Você colocou o break dentro do for antes de atribuir true para a variável acertou. Tente modificar o ordem das linhas conforme abaixo:
for(i = 0; i < segredos.length; i++){
if(input.value == segredos[i]){
alert("Parabéns, você acertou!");
acertou = true;
break;
}
}Testa aí e nos dê um ok.