Pelo que eu entendi a não indicação para o uso dos módulos é por questão de compatibilidade, se eu tiver arquivos antigos que não são módulos não irá funcionar .. Minha dúvida é a seguinte: Se for um projeto novo eu poderia utilizar sem problemas ou tem + alguma outra restrição?
Fala ai Evandro, tudo bem? Pode utilizar sem problemas, à partir da versão 14.x do Node o mesmo já da suporte de forma nativa.
Mas, ainda assim recomendo você utilizar alguma ferramenta para empacotar a aplicação caso utilize ESModules.
Ou você pode utilizar CommonJS: https://nodejs.org/docs/latest/api/modules.html
Espero ter ajudado.