Marcos,
P2P transfere arquivos entre os clientes mas, para localizar esses clientes, é necessário um servidor rastreador (tracker). Mas, no fim, você acaba baixando de outros usuários e não do servidor.
Em síntese: quando você abre seu programa P2P (seu programa de torrent, por exemplo), ele envia as informações dos arquivos que você tem e que está baixando para um servidor tracker, daí, todo mundo faz isso. Quando você pede pra baixar um arquivo, ele entra em contato com o servidor e o servidor informa quem são as outras pessoas que têm aquele arquivo e o seu programa P2P conecta diretamente com elas. O tracker (servidor) é somente para localizar os outros usuários que possuem o arquivo que você quer baixar.
Protocolo é uma convenção que controla e possibilita uma conexão, comunicação, transferência de dados entre dois sistemas computacionais. São "as regras que governam" a sintaxe, semântica e sincronização da comunicação.
Essa definição do protocolo, peguei da Wikipedia, por ser bem simples (https://pt.wikipedia.org/wiki/Protocolo_(ci%C3%AAncia_da_computa%C3%A7%C3%A3o).