Minha solução foi essa
([\w\s\.]+:?[\w\s\.]+)
Com o resultado:
Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException ||| Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException | Communications link failure ||| Communications link failure
Agora tô com dúvida em relação ao :?, porque aqui fez o agrupamento correto, só não sei se em outro caso, ele saia da mesma forma