Solucionado (ver solução)
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Minha solução

Não sei se fui simplista demais mas fiz

(Caused by:.+):(.+)

Mas eu ri quando vi que deu certo com os matches

Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure ||| Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException |||  Communications link failure

Mas como nunca errei com sql (por que nunca mexi mesmo) então não sei se o caused by poderia ser colocado assim no pattern

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solução!

Oi, HIago, tudo bem?

Sim, a sua solução está correta, parabéns!

Talvez o interessante seria acrescentar a seleção na sua regex para que fique destacado a palavra Caused by na seleção dos grupos para facilitar a leitura do erro.

Entendi, é uma boa sim valeu :)