Não sei se fui simplista demais mas fiz
(Caused by:.+):(.+)
Mas eu ri quando vi que deu certo com os matches
Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException: Communications link failure ||| Caused by: com.mysql.jdbc.exceptions.jdbc4.CommunicationsException ||| Communications link failure
Mas como nunca errei com sql (por que nunca mexi mesmo) então não sei se o caused by poderia ser colocado assim no pattern