Não sei se é o ideal, mas realizei a troca de acordo se a váriavel "x" é par ou ímpar.
<canvas width="600" height="400"></canvas>
<script>
function desenhaBandeiraBrasil() {
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = "green";
pincel.fillRect(0, 0, 600, 400);
pincel.fillStyle = "yellow";
pincel.beginPath();
pincel.moveTo(300, 50);
pincel.lineTo(50, 200);
pincel.lineTo(550, 200);
pincel.fill();
pincel.beginPath();
pincel.moveTo(50, 200);
pincel.lineTo(300, 350);
pincel.lineTo(550, 200);
pincel.fill();
pincel.fillStyle = "darkblue";
pincel.beginPath();
pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2 * 3.14);
pincel.fill();
}
function desenhaBandeiraAlemanha() {
var tela = document.querySelector('canvas');
var pincel = tela.getContext('2d');
pincel.fillStyle = 'black';
pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);
pincel.fillStyle = 'red';
pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);
pincel.fillStyle = 'yellow';
pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
}
function limpaTela() {
pincel.clearRect(0, 0, 600, 400);
}
var x = 1;
desenhaBandeiraBrasil();
function trocaBandeira() {
if (x % 2 == 0) {
desenhaBandeiraAlemanha();
}
else {
desenhaBandeiraBrasil();
}
x++;
}
setInterval(trocaBandeira, 3000);
</script>