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Minha resolução, alterei o quantidadeCarbono2 por quantidadeCarbonoFinal

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbonoFinal = quantidadeCarbono2 + 2;

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbonoFinal ) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>
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<!DOCTYPE html>
<meta charset="UTF-8">
<body>
    <hr>
<title>CARBON</title>
</body>
<style>
    body { background-color: #c1c1c1

     }
 </style>
<body>
<h1>Medidor de Carbono</h1>
<hr>
</body>


<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

document.write("<h1>" + "O resultado das substâncias concentradas de carbono é: " + "</h1>");

    if(quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2 ) {

        mostra("<h3>" + "Acho que são substâncias parecidas" + "</h3>");
    } else {

        mostra("<h3>" + "<hr>" + "São substâncias bem diferentes" + "</h3>");
    }

</script>