Veja se ficou melhor assim:
<meta charset="UTF-8">
<script>
function pulaLinha() {
document.write("<br>");
}
function mostra(frase) {
document.write(frase);
pulaLinha();
}
var idade = parseInt(prompt("Qual é sua idade?"));
if(idade >= 18){
var temCarteira = prompt("Tem carteira? Responda S ou N");
}
else{
mostra("Você não tem idade para dirigir.");
}
if(temCarteira.toUpperCase() == "S"){
mostra("Você pode dirigir.");
}
else{
if (idade >= 18) {
mostra("Você não pode dirigir, mas já pode fazer sua carteira.");
}
}
</script>