As migrations são usadas somente durante o ciclo de elaboração do projeto? pois eu não posso parar uma aplicação que esta em produção só para criar uma nova coluna na tabela. O que é feito nesse caso?
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Migrations
As migrations podem ser usadas em qualquer fase do projeto, bem como no pós produção.
Quanto ao tempo de indisponibilidade, vai depender da criticidade da aplicação. Se não for algo tão crítico, haverá um tempo mínimo para execução da migration/deploy da nova versão. Se for crítico a ponto de não poder haver downtime, então deverá se pensar em uma estratégica para tratar do caso.