Bom dia Guilherme, geralmente esse erro :

java.util.zip.ZipException: invalid LOC header (bad signature)

É porque alguma lib pode estar quebrando, dá uma olhadinha nas suas dependencias, nas documentações atuais se precisa trocar alguma e tudo mais.

Seria do widfly está lib ?

Pois no server tomcat está funcionando.

Estamos mudando do eclipse STS para o eclipse NEON 3.

O mesmo TOMCAT 8.5, o sitema sobe no STS, mas não sobe pelo TOMCAT no NEON 3.

Você está migrando tanto de IDE quanto de servidor? está mudando do tomcat para o wildfly ou apenas do STS para o neon?

Pelo que entendo no eclise STS, não roda o wildfly, por isto a mudança de IDE.

Então no final das contas você precisa ter o projeto rodando no eclipse neon com wildfly, certo ?

Se rodasse no STS com widlfy, não mudaria de IDE.

Mas sim.

Então queria se saber como fazer ?