Microsoft SQL Server Express 2016 e Microsoft SQL Server Management Studio 2016

Olá,

Basicamente a versão express do SQL SERVER, que é gratuita, tem a limitação de aceitar bases com apenas 10 GB.

Enquanto a versão completa possibilita gerenciar qualquer tamanho de base de dados, porém é uma versão paga.

Quanto a versão do Management, que seria a ferramenta utilizada para gerenciar as instancias do SQL Server, tem diversas diferenças entre a versão Studio e Studio Express, entre elas:

SQL Server Management Studio Express(SSMSE)

O SSMSE não pode gerenciar o Analysis Services, Integration Services ou o Reporting Services.

O SSMSE não oferece suporte a programação de tarefas administrativas com o SQL Server Agent.

No SSMSE, o Pesquisador de Objetos só oferece suporte a instâncias do Mecanismo de Banco de Dados. A caixa de diálogo Conectar ao Servidor evita a conexão com outros serviços, como o Analysis Services.

Espero ter ajudado.

Só para esclarecer, ao baixar o Microsoft SQL Server Express 2016 o Microsoft SQL Server Management Studio 2016 vem junto como ferramenta?

Depende a versão que for baixada, tem a versão Express with Tools, esta já possui o management Studio.