Olá, Daniel, tudo bem?
No GROUP BY, você acabou informando o campo CLT.NOME dentro da função YEAR. Tente executar a sua query dessa forma:
SELECT CLT.NOME, CONCAT('O CLIENTE ',CLT.NOME, ' FATUROU ', FORMAT(FLOOR(SUM((INTE.QUANTIDADE * INTE.PRECO))),0), ' NO ANO DE ', YEAR(DATA_VENDA)) AS RESULTADO
FROM notas_fiscais NF
INNER JOIN itens_notas_fiscais INTE ON NF.NUMERO=INTE.NUMERO
INNER JOIN tabela_de_clientes CLT ON NF.CPF = CLT.CPF
WHERE YEAR(DATA_VENDA) = 2016
GROUP BY CLT.NOME,YEAR(DATA_VENDA);
Espero ter ajudado e bons estudos!