Então, isso acontece porque o pacote config que usamos, busca pelo arquivo config/default.json a partir da pasta que o comando do Node é executado.
Por isso que quando você acessa a pasta api e executa o comando node index.js, o pacote vai procurar pelo arquivo config/default.json dentro da pasta api.
Se você definir a variável SUPPRESS_NO_CONFIG_WARNING antes do comando do Node, esse aviso não vai mais aparecer - porém o arquivo de configuração não será detectado, e sua API não conseguirá obter os dados para conectar com o banco.
Você pode também fornecer o caminho direto para a pasta onde os arquivos de configuração estão, pela variável de ambiente NODE_CONFIG_DIR, exemplo:
NODE_CONFIG_DIR="../config" node index.js
nao sei o que fazer
