Meu ponto de vista

Isso mesmo, Poliana :) Na cláusula if usou apenas = no lugar de ==. O primeiro é um sinal de atribuição e o segundo é de igualdade.

concordo colega!

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<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function mostra(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    var quantidadeCarbono1 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 1"));
    var quantidadeCarbono2 = parseInt(prompt("Quantidade de carbono substância 2"));

    quantidadeCarbono2 = quantidadeCarbono2 + 2;

    if (quantidadeCarbono1 == quantidadeCarbono2) {

        mostra("Acho que são substâncias parecidas");
    } else {

        mostra("São substâncias bem diferentes");
    }

</script>