Isso acontece por causa da forma que seu input entende sua respectiva entrada, ou seja, é necessário passar os tipos daqueles valores que serão digitados. Seu código ficou assim:
var nome = prompt("Informe o seu nome");
var alturaInformada = prompt(nome + ", informe sua altura");
var pesoInformado = prompt(nome + ", informe seu peso");
Enquanto a maneira correta deveria ser (repassando o valor float para os valores que serão digitados - se quiser, pode usar o double também - vai depender do seu objetivo):
var alturaInformada = parseFloat(prompt(nome + ", informe sua altura"));
var pesoInformado = parseFloat(prompt(nome + ", informe seu peso"));
No exemplo citado por você acima ele está lendo simplesmente em forma de texto, e acredito que não é desta forma que você espera.