Abaixo código completo, mas antes disso testei sem a função de validação se o target é uma "TD" e não removeu o cabeçalho da tabela. Vou da um revisada pra ve se está tudo certinho mesmo. Mas o código está funcionando.
var tabela = document.querySelector("#tabela-pacientes");
//var tag1=document.querySelector("h2").tagName;
//console.log(tag1);
tabela.addEventListener("dblclick",function(event){
if(event.target.tagName=='TD'){
event.target.parentNode.classList.add("fadeOut");
setTimeout(function(){
event.target.parentNode.remove();
},700)
}});