No seu código, o momento em que você solicita o número para o jogador, está fora do laço while, então, as três tentativas estão ocorrendo aparentemente juntas.
O código vai pedir 3 vezes para adivinhar o número, se mover o trecho
var chute = parseInt(prompt("Já pensei em um número e você? Digite aqui."));
Para logo depois da abertura do loop while, conforme abaixo:
[...]
while(tentativas <= 3){
var chute = parseInt(prompt("Já pensei em um número e você? Digite aqui."));
if (chute == numeroPensado){
[...]