Meu código diferente.

<canvas width="600" height="400"></canvas>

<script>

    var contador = 1;

    function desenhaBandeiraBrasil() {

        var tela = document.querySelector('canvas');
        var pincel = tela.getContext('2d');
        pincel.fillStyle = 'darkgreen';
        pincel.fillRect(0, 0, 600, 400); 


        pincel.fillStyle = 'yellow';
        pincel.beginPath();
        pincel.moveTo(300, 50);
        pincel.lineTo(50, 200);
        pincel.lineTo(550, 200);
        pincel.fill();

        pincel.beginPath();
        pincel.moveTo(50, 200)   
        pincel.lineTo(300, 350);
        pincel.lineTo(550, 200);
        pincel.fill();

        pincel.fillStyle = 'darkblue';
        pincel.beginPath();
        pincel.arc(300, 200, 100, 0, 2 * Math.PI);
        pincel.fill();

        pincel.fillStyle = 'white';
        pincel.fillRect(200, 190, 200, 20);

    }

    function desenhaBandeiraAlemanha() {

        var tela = document.querySelector('canvas');
        var pincel = tela.getContext('2d');
        pincel.fillStyle = 'black';
        pincel.fillRect(0, 0, 600, 133);

        pincel.fillStyle = 'red';
        pincel.fillRect(0, 133, 600, 133);

        pincel.fillStyle = 'yellow';
        pincel.fillRect(0, 266, 600, 133);
    }

    function trocaBandeira() {

        if (contador == 1) {

            desenhaBandeiraBrasil();
            contador = 0;

        } else if (contador == 0){

            desenhaBandeiraAlemanha();
            contador = 1;
        }
    }

    setInterval(trocaBandeira, 3000);

</script>