Meu código

Olá Everton, olhando seu código eu identifiquei esse probleminha, você esta pedindo para desenha duas vezes a mesma série:

desenhaBarra(50,50,serie2015, cores, "2015");
desenhaBarra(150,50,serie2015, cores, "2016");

quando seria o ideal passar como parametros a serie2015 e serie2016:

    desenhaBarra(50, 50, serie2015, cores, '2015');
    desenhaBarra(150, 50, serie2016, cores, '2016');

Outro detalhe é na função desenhaBarra, você já recebe a serie como parâmetro, não precisa perguntar:

if (texto == "2015") {
if (texto == "2016") {

imagine que fossem 100, 200 séries, não dá pra colocar um if pra cada série; Outro detalhe é no for, vc faz um for na variável serie mas dentro do for vc utiliza a variável serie2015 e serie2016, o código que esta assim:

           for (var posicao = 0; posicao < serie.length; posicao++){

               if (texto == "2015") {

                   desenhaQuadrado(x, altura, 50, serie2015[posicao], cores[posicao]);
                   altura = altura + serie2015 [posicao];
               } 

               if (texto == "2016") {

                desenhaQuadrado(x, altura, 50, serie2016[posicao], cores[posicao]);
                   altura = altura + serie2016 [posicao];

               }

           }

poderia ficar assim:

           for (var posicao = 0; posicao < serie.length; posicao++){

                   desenhaQuadrado(x, altura, 50, serie[posicao], cores[posicao]);
                   altura = altura + serie[posicao];
           }

Abraços, Leandro

Entendi, eu acabei estabelecendo um parâmetro serie na função e ao invés de usar esse parâmetro dentro dela eu já apliquei direto a variável/Array serie2015, fazendo com que eu nem tivesse notado a repetição na chamada da função, já que não fazia diferença dentro dela. Eu sabia que o código estava ruim na questão manutenção, afinal a cada ano seria necessário adicionar mais um if dentro da função. Obrigado pela dica, corrigi o código e implementei uma legenda também, ele ficou assim:

<canvas width="600" height ="400"></canvas>

<script>

//DADOS//

    var serie2015 = [50,25,20,5];
    var serie2016 = [65,20,13,2];
    var cores = ["blue", "green", "yellow", "red"];
    var legenda = ["Chrome", "Firefox", "Safari", "Outros"];


//FUNCOES//
    var tela = document.querySelector ("canvas");
    var pincel = tela.getContext ("2d");


    function desenhaQuadrado (x, y, largura, altura, cor) {

        pincel.fillStyle = cor;
        pincel.fillRect (x, y, largura, altura);
        pincel.strokeStyle = "black";
        pincel.strokeRect (x, y, largura, altura);

    }

    function desenhaTexto (x, y, texto){

        pincel.font="15px Georgia";
        pincel.fillStyle='black';
        pincel.fillText(texto, x, y); 
    }

    function desenhaBarra(x, y, serie, cores, texto) {

           var altura = 50
           desenhaTexto (x, y-10, texto)

           for (var i = 0; i < serie.length; i++){

                   desenhaQuadrado(x, altura, 50, serie[i], cores[i]);
                   altura = altura + serie[i];

           }

       }

        function desenhaLegenda(x, y, cores, legenda)   {

        for (var i = 0; i < legenda.length; i++)  {
            desenhaQuadrado(x, y, 10, 20, cores[i]);
            desenhaTexto(x+15, y+15, legenda[i]);
            y = y + 20;
        }
    }

    desenhaBarra(50,50,serie2015, cores, "2015");
    desenhaBarra(150,50,serie2016, cores, "2016");
    desenhaLegenda(250, 50, cores, legenda);

</script>

Exatamente, testei aqui com as legendas ficou muito bom

Abraços, Leandro