Olá, Isabel. Tudo bem com você?
Primeiramente, é importante lembrar que o Auto Layout transforma grupos de elementos em frames. No seu caso, parece que o fundo dos retângulos não foi removido quando você aplicou o Auto Layout. Isso pode ser devido ao fato de que o retângulo de fundo ainda está sendo considerado como parte do grupo de elementos.
Uma solução possível seria você selecionar manualmente os elementos que deseja incluir no Auto Layout, ao invés de selecionar todo o grupo. Para fazer isso, você pode clicar e arrastar o mouse para criar uma área de seleção ao redor dos elementos desejados, ou pode segurar a tecla Shift e clicar em cada elemento que deseja selecionar.
Depois de selecionar os elementos, você pode pressionar "Shift + A" para aplicar o Auto Layout. Isso deve criar um novo frame que inclui apenas os elementos selecionados, sem o retângulo de fundo.
Por exemplo, se você tem um grupo com um retângulo de fundo e vários outros elementos em cima dele, ao invés de selecionar todo o grupo e aplicar o Auto Layout, você pode selecionar apenas os elementos em cima do retângulo e aplicar o Auto Layout neles. Dessa forma, o retângulo de fundo não será incluído no novo frame criado pelo Auto Layout.
Espero que essa sugestão possa te ajudar a resolver o problema. Lembre-se, essa é uma sugestão baseada no seu relato e pode não funcionar em todos os casos, já que cada projeto no Figma pode ter suas particularidades.
Espero ter ajudado e bons estudos!