Metodo getBonificacao() da classe Funcionario

Olá Isis.

O método getBonificacao() chamado depende do tipo da instância de objeto que você está utilizando.

Ex:

Funcionario g = new Gerente();
Funcionario f = new Funcionario();

g.getBonificacao(); // irá chamar o da classe gerente
f.getBonificacao(); // irá chamar o da classe funcionário

Uma vez que o método foi sobrescrito pela classe Gerente, toda chamada a ele por uma instância de Gerente irá chamar a versão sobrescrita. Pra você chamar a versão de funcionário, somente utilizando uma instância de Funcionario.

Esse super que você fez não funciona. Só é possível utilizá-lo dentro da classe Gerente. Ex:

getBonificacao() {
    super.getBonificacao();
    // faz outras coisas no método....
}

Nesse caso, você está chamando o método da classe pai dentro do método sobrescrito da classe filha.