Mesmo acertando o numero ele aparece "você acertou" e "você errou".

Oi Wemerson de Oliveira Pereira você cometeu um pequeno equívoco com as variáveis uma hora você usa chute e em outra achou, só corrigir esses trechos e seu código vai funcionar normalmente.

<meta charset="UTF-8">

<input/>
<button>Compare com o meu segredo</button>

<script>

    var segredos = [5,7,10,2,3];

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    function verifica (){
        var achou = false;
        for(var posicao = 0; posicao < segredos.length; posicao++){
            if(input.value == segredos[posicao]){
                alert("Você ACERTOU !!!");
                achou = true;
                break;
            }
        }
        if(!achou){
           alert("Você ERROU !!!");
        }
        input.value = "";
        input.focus(); 
    }

    var button = document.querySelector("button");
    button.onclick = verifica;

    </script>

Espero ter ajudado e bons estudos.